Em 1842, Charles Darwin chamou a Barreira de Corais de Belize de o recife mais notável das Índias Ocidentais, e ele escreveu isso a partir de cartas náuticas em vez de ver o local da água.
A formação percorre cerca de 300 quilômetros ao longo da costa, sendo o maior recife ininterrupto do Hemisfério Norte e o terço norte do Sistema da Barreira de Corais Mesoamericana. Caye Caulker fica dentro de sua proteção, uma faixa de areia, mangue e ervas marinhas de oito quilômetros paralela à crista. Cada passeio privativo de snorkeling em Caye Caulker atravessa a mesma lagoa rasa que manteve os navios espanhóis afastados da costa por três séculos.
A proteção veio tarde. A Reserva Marinha de Hol Chan foi oficializada em 1987 como a primeira reserva marinha de Belize, tirando seu nome da palavra maia para "pequeno canal" — o corte natural através do recife que canaliza a água, e os peixes, entre a lagoa e o mar aberto. Shark Ray Alley foi incorporada à reserva em 1999, um local de limpeza de pescadores onde tubarões-lixa e raias-viola aprenderam a se reunir atrás dos barcos que retornavam. A reserva cobra 15 USD por pessoa para entrar, pago em dinheiro, e toda embarcação que trabalha na zona responde aos seus guardas florestais. Os passeios privativos de snorkeling em Caye Caulker operam sob essa licença, não ao redor dela.
A UNESCO inscreveu o Sistema de Reservas da Barreira de Corais de Belize em 1996, abrangendo sete áreas protegidas. Passou de 2009 a 2018 na Lista do Patrimônio Mundial em Perigo, sendo restaurada apenas depois que Belize encerrou a exploração de petróleo offshore em suas águas. O que a listagem protege é legível da superfície: moitas de corais elkhorn e staghorn, corais-cérebro do tamanho de gado, prados de ervas marinhas pastados por tartarugas-verdes e os peixes-boi que se abrigam em Swallow Caye ao sul. A clareza da água no lado de sotavento geralmente ultrapassa 20 metros. Eventos de branqueamento de corais diminuíram as formações mais rasas. As paredes do canal resistiram.
Caye Caulker foi dividida em duas pelo Furacão Hattie em 1961; o corte resultante, o Split, é agora o ponto de encontro da ilha. Sua própria reserva marinha seguiu em 1998. Carrinhos de golfe substituíram os carros, a portaria de "vá devagar" permaneceu e as famílias de pescadores passaram a atuar como guias. Os guias são licenciados pelo Belize Tourism Board e treinados no manuseio seguro dos recifes; nada no fundo da reserva deve ser tocado. Os mesmos sobrenomes que antes operavam armadilhas de lagosta estão hoje impressos nos ingressos dos passeios privativos de snorkeling em Caye Caulker.
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