En 1842, Charles Darwin calificó a la Barrera de Coral de Belice como el arrecife más notable de las Indias Occidentales, y lo escribió basándose en cartas náuticas más que en el agua.
La formación se extiende aproximadamente a lo largo de 300 kilómetros de la costa, siendo el arrecife ininterrumpido más largo del hemisferio norte y el tercio norte del Sistema Arrecifal Mesoamericano. Caye Caulker se encuentra dentro de su refugio, una franja de arena, manglares y pastos marinos de ocho kilómetros situada paralela a la cresta. Todo tour privado de esnórquel en Caye Caulker todavía cruza la misma laguna poco profunda que mantuvo a los barcos españoles lejos de la costa durante tres siglos.
La protección llegó tarde. La Reserva Marina Hol Chan fue declarada como tal en 1987, siendo la primera reserva marina en Belice, tomando su nombre del maya para 'pequeño canal', el corte natural a través del arrecife que canaliza el agua y los peces entre la laguna y el mar abierto. Shark Ray Alley se integró a la reserva en 1999, un área de limpieza de pescadores donde los tiburones nodriza y las rayas látigo habían aprendido a reunirse detrás de los barcos que regresaban. La reserva cobra 15 USD por persona para entrar, recaudados en efectivo, y cada embarcación que trabaja en la zona responde ante sus guardabosques. Los tours privados de esnórquel en Caye Caulker operan bajo esa licencia, no fuera de ella.
La UNESCO inscribió el Sistema de Reservas de la Barrera del Arrecife de Belice en 1996 en siete áreas protegidas. Pasó de 2009 a 2018 en la Lista del Patrimonio Mundial en Peligro, restaurado solo después de que Belice terminara con la exploración petrolera en sus aguas. Lo que la inclusión protege es legible desde la superficie: espesuras de coral cuerno de alce y cuerno de ciervo, corales cerebro del tamaño de ganado, praderas de pastos marinos donde pastan tortugas verdes y los manatíes que se refugian en Swallow Caye al sur. La claridad del agua en el lado de sotavento comúnmente supera los 20 metros. Los eventos de blanqueamiento de corales han reducido los estratos más superficiales. Las paredes del canal se han mantenido.
Caye Caulker fue dividida en dos por el huracán Hattie en 1961; el corte resultante, 'the Split', es ahora el punto de encuentro de la isla. Su propia reserva marina le siguió en 1998. Los carritos de golf reemplazaron a los automóviles, la ordenanza de 'ir despacio' se mantuvo y las familias de pescadores comenzaron a trabajar como guías. Los guías están autorizados por la Junta de Turismo de Belice y capacitados en el manejo seguro para los arrecifes; nada en el suelo de la reserva debe ser tocado. Los mismos apellidos que alguna vez manejaron trampas para langostas aparecen hoy en los boletos de los tours privados de esnórquel en Caye Caulker.
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