En 1842, Charles Darwin a qualifié la barrière de corail du Belize de récif le plus remarquable des Antilles, et il l'a écrit à partir de cartes marines plutôt que depuis l'eau.
La formation s'étend sur environ 300 kilomètres le long de la côte, constituant le plus long récif ininterrompu de l'hémisphère nord et le tiers septentrional du système de barrière de corail mésoaméricain. Caye Caulker se trouve à l'abri de celle-ci, une bande de sable, de mangroves et d'herbiers marins de huit kilomètres située parallèlement à la crête. Chaque excursion privée de plongée avec tuba à Caye Caulker traverse encore le même lagon peu profond qui a maintenu les navires espagnols au large pendant trois siècles.
La protection est arrivée tardivement. La réserve marine de Hol Chan a été officiellement créée en 1987 en tant que première réserve marine du Belize, tirant son nom du mot maya signifiant « petit canal » — la brèche naturelle à travers le récif qui canalise l'eau, et les poissons, entre le lagon et la mer ouverte. Shark Ray Alley a été intégré à la réserve en 1999, une zone de nettoyage pour les pêcheurs où les requins nourrices et les raies pastenagues du sud avaient appris à se rassembler derrière les bateaux de retour. La réserve facture 15 USD par personne pour l'entrée, collectés en espèces, et chaque navire travaillant dans la zone répond aux rangers. Les excursions privées de plongée avec tuba à Caye Caulker opèrent sous cette licence, et non en dehors.
L'UNESCO a inscrit le système de réserves de la barrière de corail du Belize en 1996 sur sept zones protégées. Il a passé de 2009 à 2018 sur la liste du patrimoine mondial en péril, restauré seulement après que le Belize a mis fin à l'exploration pétrolière offshore dans ses eaux. Ce que le classement protège est lisible depuis la surface : des fourrés de cornes d'élan et de cornes de cerf, des coraux cerveau de la taille de bovins, des herbiers marins broutés par des tortues vertes et les lamantins qui s'abritent à Swallow Caye au sud. La clarté de l'eau du côté sous le vent dépasse généralement 20 mètres. Les événements de blanchissement du corail ont éclairci les zones les moins profondes. Les murs du canal ont résisté.
Caye Caulker elle-même a été divisée en deux par l'ouragan Hattie en 1961 ; la coupure résultante, le Split, est maintenant le point de rencontre de l'île. Sa propre réserve marine a suivi en 1998. Les voiturettes de golf ont remplacé les voitures, l'ordonnance « go-slow » a été maintenue et les familles de pêcheurs se sont tournées vers le guidage. Les guides sont agréés par l'Office du tourisme du Belize et formés à la manipulation respectueuse des récifs ; rien sur le fond de la réserve n'est censé être touché. Les mêmes noms de famille qui géraient autrefois les casiers à homards sont imprimés aujourd'hui sur les billets des excursions privées de plongée avec tuba à Caye Caulker.
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